Das Weisskopfseeadlerpaar lebt monogam und bleibt ein Leben lang zusammen. Der Weisskopfseeadler ist standorttreu. Diese beiden Eigenschaften ermöglichen es, dass ein Horst in einer Baumkrone über mehrere Jahre hinweg genutzt wird. Die Horste werden vor dem Brüten permanent ausgebaut und erneuert. Einige Horste können so bis 2.5 m hoch und 2 m Durchmesser erhalten.